第二银河军团仓库位于任意空间站内的军团功能主页，是军团存储物资与管理资金的核心功能入口。进入游戏后，指挥官需先抵达任意星系的空间站，在空间站主界面左下角找到军团功能图标，点击后即可在展开的军团功能页面中找到军团仓库的入口，点击便能进入仓库界面。
军团仓库内部清晰划分为数字账户与实物仓库两大板块。数字账户专门记录军团联储币的余额，是军团的资金管理核心，军团联储币主要来自成员每日捐献，每位成员每日最多可捐献100万联储币，捐献后会转化为军团联储币存入账户，同时成员能获得等额的军团奖励点，奖励点可在专属商店兑换稀有物资。军团掌控主权星系后，通过贸易玩法出售星系产出的专属矿物，也能为数字账户积累大量资金。
实物仓库则是存放各类军团物资的区域，分类规整与个人仓库相似，主要存放军团通过军备订单采购的常规舰船、装备，还有两大特殊分类。其中设施分类存储军团生产的太空建筑，这类设施需在行星引力井内装配完成后存入仓库，后续可由军团部署到指定星系；旗舰分类则存放军团专属的巨型旗舰，这类舰船只能通过军团生产线制造，是军团作战的核心战力，平时统一存放在仓库中，战时统一调配使用。
军团仓库还关联着捐献、军备订单与战损申报等核心玩法。成员可在仓库内完成联储币捐献，也能通过战损申报界面捐献补损物品，获取对应联储币回报，不过刚从交易市场购入的物品需度过冷却期才能捐献。军团管理者可在仓库关联的军备订单功能中，用军团联储币向成员收购战备物资，充实仓库储备。而成员参与军团作战出现战损时，可通过战损申报从仓库获取补给，实现军团物资的高效流转。
军团仓库的使用权限有明确划分，普通成员可查看仓库物资、进行捐献操作、使用奖励点兑换物资，而物资调配、军备订单发布、战损审批等管理权限，仅军团指挥官与指定后勤官员拥有。合理利用军团仓库，能让军团在非战时囤积充足战备资源，战时快速为成员补给，是提升军团整体实力、保障作战续航能力的关键设施。
